近年來,靶向測序作為一種以有限測序量實現(xiàn)對目標基因深度研究的方案而被普遍采用。但是,開發(fā)定制 NGS panel 的過程并不像量體裁衣那么簡單,時至今日,仍然是一項需要投入大量時間精力甚至更多費用的過程。
安捷倫作為 NGS 技術的,在捕獲探針設計方面已經(jīng)具備 10 多年的實戰(zhàn)經(jīng)驗。安捷倫 SureDesign 在線設計平臺可為用戶提供便捷的定制化過程、驗證服務以及專業(yè)的技術人員的一對一服務。
NGS Panel 之設計篇
SureDesign,是一款基于網(wǎng)頁的應用程序,安捷倫客戶無需額外付費即可使用。在 SureDesign 中,用戶可以選擇預定義內(nèi)容或構(gòu)建自己的內(nèi)容,瀏覽并購買安捷倫的目錄 Panel 和自定義設計,也可以與工作組內(nèi)部人員或其他研究人員進行合作。安捷倫多年的制造專業(yè)知識,可確保用戶的每個探針性能相同,增強的探針設計算法,可進行更靈敏,更具體的寡核苷酸設計。
NGS Panel 之合成篇
對于設計好的序列,安捷倫使用Agilent SurePrint 長鏈寡核苷酸合成平臺生產(chǎn)。在傳統(tǒng)的合成中,長鏈寡核苷酸的產(chǎn)量在 250 個核苷酸左右會出現(xiàn)嚴重下降。相比之下,使用 SurePrint 平臺生產(chǎn)的寡核苷酸即使長度接近 300 個核苷酸,也同樣具有高保真度,可幫助用戶獲得具有業(yè)內(nèi)高質(zhì)量的靶向捕獲探針文庫。SurePrint 技術專為寡核苷酸探針文庫的打印而開發(fā),可實現(xiàn)*而一致的核酸合成。每個設計都能定制,這意味著用戶可以從頭到尾設計自己的 Panel。
NGS Panel 之驗證篇
已經(jīng)合成好的探針需要反復的驗證和調(diào)整才可用于大規(guī)模的樣本檢測。這個過程需要極富經(jīng)驗的技術人員和大量的資金與時間投入,安捷倫 NGS 驗證服務可以幫助客戶攻克這一難關。安捷倫的設計專家將會根據(jù)客戶的特殊需求幫助客戶一起設計出定制化的 Panel,之后專家們會使用 HapMap 參考樣本在實驗室對設計出的 Panel 進行驗證和調(diào)整,直到滿足客戶的需求。用戶終收到的是經(jīng)過驗證的 Panel,可以即刻開啟實驗項目。同時,安捷倫會做好保密工作,無需擔心設計外漏。把前期棘手的預實驗部分交給安捷倫經(jīng)驗豐富的驗證團隊,可在 6 周以內(nèi)就可以完成這一過程,幫助用戶更快速更便捷地進行項目啟動。
安捷倫推出的設計驗證服務大大縮短了用戶在“設計 - 合成 - 運輸 - 測試 - 修改設計 - 重新下訂單 - 重新合成 - 運輸 - 測試”的時間。安捷倫的專業(yè)團隊不僅幫助用戶完成設計,同時對其用參考樣本進行了實驗室驗證,確保 Panel 的性能滿足用戶要求,并且在驗證完成后提供了 16 個反應的探針試劑供用戶直接使用。